在税收问题上，中国物流与采购联合会建议，将物流业作为相对独立的行业税目对待，凡涉及运输、仓储、货代、快递等物流环节，均应视同综合物流业务。其应税劳务全部纳入增值税征收范围，以支持物流业一体化运作。针对物流企业劳动密集、能够抵扣的进项税额较少的特点，建议重新测算适用税率，不要因为税制改革增加企业负担。同时，执行相同的抵扣标准，堵塞利用假发票的骗税行为。取消运输企业自开票限制，促使企业更大限度整合社会物流资源。

    按照现行的营业税政策，物流企业每转包一次，就要开一次票、纳一次税。这就导致专业分工越细，交易次数越多，重复纳税问题就越严重。

    在土地使用税方面，《城镇土地使用税暂行条例》自2006年修订以来，物流企业土地使用税成倍增加，有的地方甚至每平方米由原来的1元上涨到15元，超出了企业承受范围。中国物流与采购联合会建议税务部门在给仓储企业核定土地使用税标准时，按照低档、下限征收，以减轻企业负担。

    此外，2008年新的《企业所得税法》实施后，取消了对物流企业所得税统一缴纳的规定。这被认为割裂了物流企业的网络关系，不利于物流企业做强做大。中国物流与采购联合会建议，针对物流企业网络化经营的特点，应允许所得税总分机构统一申报缴纳。